Op een led staat altijd "max reverse voltage". Voor normale diodes is dat vaak iets van 100V of 400V of 1200V. Dat is de spanning die hij tegen kan houden (i.e. zonder dat er stroom gaat lopen) als ie niet geleidt.
Een LED is een speciale: die wordt uit materialen gemaakt waardoor er licht ontstaat als ie geleidt. Maar een gevolg daarvan is: Helaas kan ie maar ongeveer 5V "tegenhouden". Daarboven slaat ie door en gaat er toch stroom lopen. 
Een electro motor gedraagt zich als een spoel. Een spoel is een component waarbij de stroom niet plotseling kan veranderen. Als je dat wel zou willen, wordt de spanning onnoemelijk groot. Die stroom moet-en-zal blijven lopen, des noods vliegt er gewoon een vonk van A naar B. Dit effect wordt bijvoorbeeld in een benzine auto gebruikt om de bougies te laten vonken.
Stel je hebt een motor. Kant A sluit je aan op de 12V. Kant B op je transistor. Je transistor gaat aan, de motor gaat draaien. So far, so good....
Nu zet je de transistor uit. De transistor wil dan "geen strom". De motor darentegen heeft een andere mening. Die "vraagt" aan de transistor: "2V, wil je dan de stroom hebben?". Transistor zegt: nee. Heel snel daarna vraagt de motor: "5V dan?" nog steeds zegt de transistor: nee. 10V? Nee! 20V? 40V? 80V? Ergens in dit rijtje gaat de transistor toegeven: Nou goed dan! Ondanks dat je WIL dat ie niet geleidt gaat ie dat toch doen. Sommige zijn dan direct kapot. Sommige kunnen het een paar keer hebben. Andere houden het best wel een tijdje vol. Beter is anders.
Door nu een diode over de motor te plaatsen (zodanig dat ie NIET geleidt als de motor draait!), zal de spanning op poot B van de motor oplopen tot 12.6V en dan gaat de diode geleiden. De motor heeft dan z'n zin: "die stroom moet doorlopen". De tor is gemaakt om 12V plus marge aan te kunnen, dus ook dat gaat goed.
Zet je nu nog een condensator over de emitter-van-de-transistor naar punt-A-van-de-motor, dan zou de hele zooi gewoon moeten werken. Neem bijvoorbeeld 100 µF samen met een 100nF condensator parallel. Dan denk ik dat je metingen een stuk beter zullen zijn.
