Nee, de oscal bits hebben geen invloed op de externe klok. Dus dat zou het niet moeten zijn.
AREF mag je best op VCC aansluiten. Maar dan is het niet aan te raden om in software "internal 1.1V" te selecteren. (anderzijds, het datasheet raad een 100nF condensator aan op AREF, die wordt tot 1.1V opgeladen door de interne referentie als je die selecteert en tot 5V als je "VCC" als referentie selecteert. Maar wat Atmel er niet bij verteld is dat de interne referentie echt 3-4 conversies nodig heeft om 100nF tot 1.1V te ontladen.... (Of de stroom die daar getrokken wordt door de ADC getrokken wordt, of dat de analoge referentie ook kan sinken weet ik niet!)
AVCC mag ook direct op VCC aangesloten worden, maar dan is zoals te verwachten valt, je digitale ruis wat te horen op de analoge metingen.