Het is me niet helemaal duidelijk of het nu meer een Eagle-handleiding is, of juist een routing-guide. Ik ga hem eens een keer lezen als ik tijd heb, even kijken of het ook voor niet-eagle gebruikers interessant is.
Maar bij het doorbladeren viel me wel je layer-stackup op:
Layer 1, normal traces
Layer 2, 3.3V plane
Layer 3, RAM and FLASH routing, high speed.
Layer 4, RAM and FLASH routing, high speed.
Layer 5, GND plane
Layer 6, normal traces
Ik weet dat dit vaker gedaan wordt zo, maar als je het hebt over highspeed routing en BGA's, dan kom je juist bij de designs uit waar de rol van capaciteit tussen 2 aanliggende planes ook mee gaat tellen. Je komt wel weg met bovengenoemde opbouw, alleen je moet goed op je ontkoppeling gaan letten.
In de dagelijkse praktijk wil je dus graag je voedings- en groundplane op 2 opvolgende layers leggen. Echter is het ook aan te raden om gevoelige signalen tegen een plane aan te leggen. Je zou dan hier aan kunnen denken:
Layer 1, normal traces
Layer 2, RAM and FLASH routing, high speed.
Layer 3, 3.3V plane
Layer 4, GND plane
Layer 5, RAM and FLASH routing, high speed.
Layer 6, normal traces
Dan loop je wel tegen het nadeel aan dat je signal-layers niet meer afgeschermd zijn, een nadeel voor emission. Het hangt een beetje van je ontwerp en toepassing af of dit erg is. Je kunt ervoor kiezen om je low-speed signalen ook op layer 2 en 5 te routen, en dan layer 1 en 6 een groundplane te maken (met je pads natuurlijk). Dit heeft dan ook het voordeel dat je bijvoorbeeld al je C'tjes onder een BGA heel laag-impedant naar ground kunt leggen.
Omdat je vaak nog wel een voeding meer nodig hebt, kun je er overigens ook voor kiezen om een groundlayer op een buitenste laag in te ruilen voor dat powerplane.
Je merkt wel dat je snel tegen het nadeel aan loopt dat je nog steeds maar 2 signaallagen overhoudt met een dergelijke stack-up. En dat terwijl je nu juist signal layers dacht te winnen met die 6 layer PCB. 
Dit is ook de reden dat ik de 6-laags in veel designs over sla, want als je met 2 signal-layers af kunt, kun je ook voor 4-laags gaan, of je gaat een stap verder naar 8-laags:
Layer 1, normal traces
Layer 2, GND plane
Layer 3, 3.3V plane
Layer 4, RAM and FLASH routing, high speed.
Layer 5, RAM and FLASH routing, high speed.
Layer 6, other powerplane
Layer 7, GND plane
Layer 8, normal traces
Het prijsverschil tussen 6-laags en 8-laags is meestal niet zo groot meer.
In de laatstgenoemde stackup leg ik de GND overigens op layer 2, omdat ik de gewoonte heb om zo dicht mogelijk bij de pin met +3.3V (danwel 5V, +1.8V, etc.) de ontkoppel C'tjes te plaatsen. Als je dat doet, dan gaat de andere kant van de C middels een via naar de GND, en die ligt dan het beste op de dichtstbijzijnde (dus meest naar buiten) plane.
Heb je ook iets geschreven over de orientatie (X/Y) van je routing? Is ook nog wel interessant. En dan komt ook de interferentie tussen high-speed signalen nog om de hoek kijken... Hmm, ik begin de grenzen van het show-topic een beetje uit te lopen dus ik trap maar even op de rem 