je hebt een bi-led op twee bits in PORTD. En een achtergrondverlichting op een ander bitje.

#define BILED (_BV (PD5) | _BV (PD6))
#define BIGROEN (_BV (PD5))
#define BIROOD (_BV (PD6))
#define ACHTERGROND (_BV(PD3))

conform Eric's advies dan DDRD initializeren:

DDRD = BILED | ACHTERGROND ;

dan een while lusje maken:

while (1)

en dan kan je toggelen:

PORTD = PORTD & ~ACHTERGROND;
PORTD = PORTD | ACHTERGROND;

Maar als je dat zo doet, gaat het te snel om te zien. Zet dus iets van:
_delay_ms (100);

er tussen. (2x!)

Dat toggelen kan ook op diverse andere manieren. Bovenstaande is m.i. het makkelijkst te begrijpen. AND met alle ANDERE bitjes, zodat JOU bitje uitgaat (en alle andere ongewijzigd). En OR met jou bitje zodat jou bitje aangaat (en alle andereongewijzigd).