Allereerste vraag, heb je de uitgang van de werkende , dus de solar, pomp via de 10 meter kabel op de cv pomp gezet? ( of gewoon de PWM uitgangen even wisselen bij de controller).
Dat zou ik ( is al meerdere keren gesuggereerd) eerst proberen.
Als de CV pomp dat wel herkent en zich instelt dan is het dus zeker de controller.

2e, waarom zet je die cv pomp niet handmatig op PWM2?

Dat die 50 Hz "verdwijnt" lijkt mij onmogelijk.
Dat is een meetfout door een hoop storing verwacht ik.

Hier ligt dan ook de basis van mijn vraag: waarom komt het PWM signaal niet correct tot bij de pomp.

Je lijkt het botweg niet te willen begrijpen, maar HANG ER EEN SCOPE AAN. Dit blijft gissen, moeilijk doen, experimenteren en doorzeuren.

Waar is mijn 50Hz naar toe ????

Dat kan die scope je zo vertellen.Maar het lijkt voor jou een vies woord ofzo te zijn. Voorlopig gebruik je de verkeerde spullen om te meten en blijft maar hangen in het interpreteren van meetwaarden die in het gunstigste geval onbetrouwbaar zijn. Als je wilt weten wat er gebeurt, begin dan eens met iets om dat te meten. Nee, een multi meter is daar niet geschikt voor.